La finalul lunii iunie, administrația Trump a afirmat că o investigație a stabilit că Universitatea Harvard a încălcat legile federale privind drepturile egale, neabordând agresiunile împotriva studenților evrei și israelieni. Criticii, experții în drepturile omului și unii membri ai corpului profesoral au susținut că asemenea investigații sunt o modalitate de a impune control federal asupra învățământului superior, amenințând libertatea academică și libertatea de expresie.
Universitatea Harvard a purtat discuții și un conflict judiciar cu administrația Trump, solicitând recuperarea miliardarilor de dolari din fondurile federale înghețate pentru cercetarea medicală și alte programe. Începutul acestui an a marcat declanșarea procedurilor juridice împotriva administrației Trump.
„Colaborarea de luni întregi a fost inutilă”, se menționează într-o scrisoare trimisă miercuri de către Departamentul pentru Sănătate și Servicii Umane al SUA către conducătorii Universității Harvard. 
„Prin urmare, Biroul pentru Drepturi Civile (OCR) nu are altă opțiune decât să transmită problema către Departamentul de Justiție, pentru demararea unor acțiuni specifice în vederea combaterii discriminării antisemite la Universitatea Harvard.”
Trump a emis amenințări cu reducerea fondurilor federale destinate universităților, ca răspuns la demonstrațiile pro-palestiniene împotriva războiului aliaților SUA, în Gaza. Guvernul susține că universitățile au permis manifestarea antisemitismului în cadrul protestelor pro-palestiniene din anul anterior.
